La plus grande partie de la première saison fut filmée dans la Prison de Joliet, dans l'Illinois. Après sa fermeture en 2002, la prison de Joliet est devenue le décor principal de Prison Break, et est désormais connues à l'écran sous le nom de Prison d'Etat de Fox River. Ces scènes incluent la cellule de Lincoln, l'infirmerie et les extérieurs. La cellule de Lincoln est celle où le tueur en série John Wayne Gacy fut incarcéré. Certains membres de l'équipe on refusé d'entrer dans la cellule, pensant qu'elle était hantée. Les cellules vues dans la séries ne sont pas celles de la prison de Joliet, elles ont du être reproduites car les originales étaient trop petites et trop sombres. Les scènes d'extérieur ont été filmées autour de Chicago, Woodstock et Joliet, dans l'Illinois. D'autres lieux de tournages incluent l'Aéroport International O'Hare à Chicaco, Toronto et Ontario au Canada. Le tournage de la deuxième saison, qui a repris le 15 Juin 2006, se déroule à Dallas au Texas, en raison de la proximité d'environnements ruraux et urbains. Beaucoup de ces lieux de tournages sont utilisés pour représenter plusieurs villes américaines.
